员工支付的行权款通常与以权益结算的股份支付相关，例如员工行使股票期权时支付的行权价格。根据企业会计准则，当员工行权购买公司股票时，这部分款项的会计处理如下：

在行权日，企业应按实际行权的权益工具数量计算确定的金额，借记“资本公积-其他资本公积”科目，按计入实收资本或股本的金额，贷记“实收资本”或“股本”科目，按其差额，贷记“资本公积-资本溢价或股本溢价”科目。

如果行权价格低于股票的公允价值，那么股票的公允价值与行权价格之间的差额将增加资本公积。例如，如果股票的公允价值是17元，而员工以5元的行权价格行权，那么2元的差额会贷记“资本公积-资本溢价”。

请注意，这种会计处理仅适用于企业，员工个人在行权时并不涉及会计科目记录，他们仅需要确保支付行权款到指定的银行账户。