在统一控制下的企业合并，子公司A取得母公司控制下的另一子公司B的长期股权投资时，根据企业会计准则，子公司的账务处理如下：

1. 记录长期股权投资的初始投资成本： 借：长期股权投资 - B公司 100万元 贷：银行存款 99万元 资本公积 - 资本溢价或股本溢价 1万元

这里，子公司A支付的对价为99万元，但由于是同一控制下的合并，长期股权投资的初始投资成本应按照被合并方B公司所有者权益的账面价值份额确定，即100万元。因此，产生1万元的资本公积。

请注意，实际的账务处理可能会根据母子公司之间的具体协议和会计政策有所不同，但基本原理是按照被合并方账面价值的份额确认长期股权投资，并调整资本公积。