在同一控制下的企业合并中，如果长期股权投资的成本与支付的对价之间存在差异，母公司的会计处理如下：

1. 母公司应当按照被合并方所有者权益在最终控制方合并财务报表中的账面价值的份额作为长期股权投资的初始投资成本。
2. 如果长期股权投资的初始投资成本大于支付的合并对价的账面价值，差额不作调整，因为这是在同一控制下，不涉及公允价值的变动。
3. 如果长期股权投资的初始投资成本小于支付的合并对价的账面价值，差额应当调整资本公积，资本公积不足冲减的，依次调整盈余公积和利润分配——未分配利润。

相应的会计分录如下（假设差额为正，即长期股权投资成本大于支付对价）：

借：长期股权投资
贷：相关资产科目（如现金、固定资产等）
    资本公积——资本溢价或股本溢价

如果差额为负，即长期股权投资成本小于支付对价，会计分录如下：

借：资本公积——资本溢价或股本溢价
    盈余公积
    利润分配——未分配利润
贷：长期股权投资

对于子公司来说，由于合并是同一控制下的，子公司通常不会编制合并财务报表，因此不会有相应的会计分录。合并后，子公司成为母公司的组成部分，其账面价值会按照母公司的会计政策进行调整。