非营利组织在分离租赁和非租赁部分时，可能会遇到以下问题：

B) 将租赁错误地归类为经营租赁

非营利组织在识别和分类租赁时，可能会错误地将某些租赁归类为经营租赁，而不是融资租赁，这可能导致会计处理不准确。根据企业会计准则，正确分类租赁对于确定正确的会计处理至关重要，因为经营租赁和融资租赁在财务报表上的体现和对损益表的影响是不同的。

A) 不同租约的政策适用不一致

非营利组织可能拥有多种类型的租赁，每种租赁可能需要根据不同的会计政策进行处理。确保所有租赁都按照一致和正确的会计原则进行分类和记录，可能会带来挑战。

D) 将多个租赁合并到一个账户中

如果合同中包含多个租赁或租赁和非租赁部分，非营利组织可能面临困难，需要正确地将这些部分分开并分别进行会计处理。根据准则，如果合同包含多个租赁，它们应当被分拆并分别处理，而非合并成一个单一的租赁账户。

C) 使用增量借款利率，而不是无风险利率

在计算租赁负债的现值时，非营利组织可能需要使用增量借款利率，这可能比无风险利率更复杂，因为需要考虑组织的特定融资条件。选择正确的折现率对于准确计量租赁负债至关重要。

因此，非营利组织在处理租赁会计时，可能会遇到租赁分类错误、政策适用不一致以及租赁分拆和合并的挑战。