在这种情况下，如果合同约定的金额是不含税的，那么A公司在2025年补提的增值税不应该减少与B公司之间的合同收入。根据企业会计准则，增值税是基于企业的销售收入计算的，而不是销售成本，因此补提的增值税不应直接冲减合同收入，而是应当按照规定补缴给税务机关。

如果A公司在之前的年份中没有正确计提增值税，现在发现这一错误，应当调整应交税费科目，增加“应交增值税（销项税额）”，同时由于B公司按照不含税金额支付，A公司不需要调整与B公司的合同金额。这种调整不会影响B公司支付的金额，因为B公司始终按照合同约定的不含税金额付款。

因此，A公司在2025年处理这笔增值税时，应将补提的增值税贷记“应交税费——应交增值税（销项税额）”，而不应该减少与B公司的合同收入。这样处理既符合增值税的会计处理规定，也不会影响与B公司的合同执行。