公司注销时，往来余额的处理通常涉及以下几个步骤：

1. 内部往来抵销：如果公司与其他关联公司之间存在内部交易形成的应收账款和应付账款，应当在合并财务报表中进行抵销处理，同时抵销对应的坏账准备。

2. 外部往来清理：对于外部的应收账款，公司应尽力收回。如果无法收回，且符合坏账核销条件，根据企业会计准则，应全额计提坏账准备，并将应收账款冲减至零，相应的坏账准备增加。如果已经全额计提了坏账准备，核销时不会影响利润表，因为坏账准备已经在以前期间影响了利润。

3. 应付账款处理：对于应付账款，公司需在注销前尽可能清偿。若无法清偿，债权人可能同意债务减免，这种情况下，减免的债务通常作为清算净损益的一部分。

4. 税务考虑：在注销过程中，税务机关可能要求公司清偿所有债务或提供解决方案，以避免潜在的税务风险。

5. 账务处理：按照会计准则，所有清理完成后，相关科目应无余额。例如，应收账款和应付账款科目在注销后应无余额。

6. 备查登记：已核销的应收账款在备查簿中保留记录，以便在将来可能收回时进行处理。

综上所述，公司注销时，往来余额应通过收回、清偿、核销或抵销等方式进行妥善处理，确保财务报表的准确性和合规性。