如果分公司已经注销，但在母公司的财务报表中仍有余额，处理方式如下：

1. 资产清理：首先，分公司注销时应进行资产清算，包括应收账款在内的所有资产应被处理或变现。

2. 会计处理：根据《企业会计准则》，如果分公司有未收回的应收账款，母公司需要评估其可收回性。如果无法收回，应按照《企业会计准则第8号——资产减值》的规定，计提坏账准备，减少应收账款的账面价值，并确认资产减值损失。

3. 终止确认：如果分公司注销后，应收账款无法收回，且无可供分配的资产，母公司可能需要终止确认这部分应收账款，并根据《企业会计准则第22号——金融工具确认和计量》处理相关损失。

4. 法律程序：如果存在法律纠纷，母公司可能需要通过法律途径追偿，这可能会影响应收账款的会计处理。

5. 财务报表披露：在母公司的财务报表中，应详细披露这一情况，包括与分公司的关系、注销过程、应收账款的处理和任何相关的损失。

请注意，具体操作需结合实际情况和适用的会计准则，并可能需要法律和会计专业人士的建议。