农房改造安置项目涉及土地增值税清算时，主要关注以下几点：

1. 收入确认：根据《企业会计准则》和税法规定，安置房在完工并交付给拆迁户时，通常视为销售处理，应确认收入，并计算土地增值税。

2. 成本归集：正确归集安置房的开发成本，包括土地成本、建筑成本、拆迁补偿费等，这些成本将影响土地增值税的计算。

3. 土地使用权性质：土地使用权如果是通过划拨取得的，可能会影响土地增值税的计算和清算。

4. 税收优惠政策：政府可能会对棚户区改造或安置房项目提供特定的税收优惠，比如免征或缓征土地增值税，需要了解当地的具体政策。

5. 清算时点：确定正确的清算时点，通常是在项目整体完成或达到可销售状态时。

6. 成本利润率：在某些情况下，税务机关可能会根据成本利润率来核定土地增值税，这可能影响最终的税负。

7. 会计处理：会计上，土地增值税可能被确认为一项负债，随着收入的确认逐步结转。

8. 税会差异：会计处理和税务处理可能存在差异，需要在年度汇算清缴时调整。

在进行清算时，企业应确保所有相关交易和成本都得到适当记录，并与税务机关保持良好沟通，以确保合规并最大化税收效益。