国家重点扶持的公共基础设施项目的投资经营所得，按照税法规定，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年免征企业所得税，第四年至第六年减半征收企业所得税。在计算纳税调整额时，需要将这些免税和减半征收的所得从税前利润中扣除，以确定应纳税所得额。具体计算方法是：

1. 对于免税期间（第一年至第三年），企业不需要为这部分所得缴纳企业所得税，因此，纳税调整额为这段期间内项目的应税所得额。
2. 对于减半征收期间（第四年至第六年），企业只需为一半的所得缴纳企业所得税，所以纳税调整额为这段期间内项目所得额的一半。

在进行年度汇算清缴时，企业应根据实际经营情况，将这些减免的所得税影响体现在纳税调整表中，以正确计算应交所得税和递延所得税。如果在计算过程中涉及递延所得税资产或负债的调整，应根据企业会计准则第18号——所得税的相关规定进行处理。