根据企业会计准则第32号——中期财务报告（2006）的规定，中期财务报表的年初数字应当反映自上一会计年度末至本中期末的累计变化。如果6月报表的年初数与上年末不一致，但实际应保持一致，可能存在以下情况：

1. 数据录入错误：可能是编制报表时的疏忽，导致6月报表的年初数输入错误。
2. 财务系统问题：可能是财务信息系统更新或调整时出现了错误，未正确提取上年度末的数据。
3. 会计处理不当：可能存在会计处理上的错误，比如错误地调整了年初余额，但这种情况下应当在附注中详细说明。

在这种情况下，企业应当及时更正错误，确保6月报表的年初数与上年末数一致，并在附注中解释这一差异的原因，说明是由于错误导致的，并提供正确的年初数。如果这个错误影响到了财务报表的使用者，可能还需要考虑是否需要追溯调整以前中期的财务报表。