会计电子发票的存档应当确保其完整性、安全性和合规性。企业可以选择不同的存档方式，例如：

1. 直接存储在会计信息系统中：如果企业的记账凭证和报销凭证都是电子化的，可以将电子发票与这些凭证一起通过归档接口导入电子档案管理系统，按照《企业电子文件归档和电子档案管理指南》进行整理和归档，并长期保存。

2. 单独存储电子发票：如果只有电子发票是电子化的，也可以单独将其导入电子档案管理系统进行归档和长期保存，同样参照上述指南。

3. 云存储平台：企业可以选择使用云存储服务来保存电子发票，这种方式便于远程访问和多用户协作，但需要注意服务商的安全性和合规性。

4. 自建管理系统：企业也可以构建自己的电子档案管理系统，但这需要投入更多资源来维护系统的安全性和稳定性。

无论选择哪种方式，都应确保电子发票的保存期限符合当地法规要求，通常为五年。同时，要采取多重备份和定期检测的方法，防止数据丢失，并使用安全措施，如加密，以防止未经授权的访问。此外，要确保电子发票的归档符合国家税务部门的合规性要求。