税务局在处理涉及公司运营机密的事务时，会遵循相关法律法规，尊重企业的商业秘密。根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则，税务机关在进行税务检查或调查时，有权要求企业提供相关资料，但同时也负有保密义务，不得泄露企业的商业秘密。如果涉及国家秘密或个人隐私，税务机关会依法进行处理，确保信息的安全和保密。

在实际操作中，企业可能会被要求提供与税务相关但包含敏感信息的文件，税务机关会在审查这些信息时采取必要的保密措施。例如，只让有权限的人员接触这些信息，或者在必要时对敏感部分进行脱敏处理。同时，如果企业认为某些信息确实涉及核心机密，可以与税务机关沟通，寻求合理的解决方案，比如签订保密协议等。

总之，税务局在处理涉及公司运营机密的事务时，会平衡税收征管的需要与保护企业商业秘密的权利。