从合同角度来看，公司与国内总部签订的合同以及国内总部与科研机构签订的合同构成了复杂的合同关系。这种安排可能是为了规避境外付款的困难。公司需要确保这两份合同清晰地定义了服务内容、付款条件、责任和义务，以避免潜在的法律纠纷。同时，合同应反映真实的交易性质，即公司是实际的服务受益方，而国内总部在此过程中可能扮演代理角色。

从税务角度来看，公司需要关注以下几个方面： 1. 增值税：科研服务通常涉及增值税，国内总部作为接受服务的一方，可能需要支付增值税，并可以据此抵扣进项税。公司需要确保合同中明确了增值税的处理方式。 2. 企业所得税：如果科研服务被视为公司的成本，相关的支出可以在计算企业所得税时作为费用扣除。但如果国内总部收取了服务费，可能需要就这部分收入缴纳企业所得税。 3. 跨境税务问题：由于涉及跨境交易，可能需要考虑预提所得税、转让定价规则以及双重征税协定。公司需要确保其税务安排符合国际税务规定，避免不必要的税务风险。 4. 合规性：所有合同和交易都应遵守中国的反避税法规，确保交易的经济实质与法律形式相符。

在分析风险时，公司需要考虑以下几点： - 法律风险：如果合同安排不清晰，可能导致法律责任不明，增加诉讼风险。 - 税务风险：不正确的税务处理可能导致罚款、利息和声誉损失。 - 现金流风险：如果付款路径复杂，可能影响现金流管理和资金周转。 - 合规风险：违反税务或外汇管理规定可能会受到监管处罚。

因此，公司在进行此类操作时，应咨询专业法律顾问和税务顾问，确保所有的合同和交易安排都是合法、合规且经济有效的。