根据企业会计准则第22号——金融工具确认和计量-第三十七条，企业与投资者之间约定的回购条款，如果该条款导致企业负有以现金或其他金融资产回购自身权益工具的义务，企业应当在初始确认时将该义务确认为一项金融负债。因此，如果PE入股的非上市公司根据回购条款负有回购股权的义务，且该义务的触发条件是公司收入下降50%或其他投资方发起回购情形，这表明该义务是一个有条件的义务，但仍然需要企业在初始确认时将其确认为金融负债。

关于回购价格的确认，如果回购价格是按照本金加上利息来确定的，那么这个回购义务应当按照金融负债进行后续计量。根据企业会计准则第14号——收入-第三十八条，如果回购价格不低于原售价，应当视为融资交易，在收到客户款项时确认金融负债，并将该款项和回购价格的差额在回购期间内确认为利息费用等。

因此，您的理解是正确的，该部分增资款应当冲回确认为金融负债，并在后续期间计提利息。利息的计提应当根据金融负债的实际利率法进行计算，并在利息费用中反映。关于回购价格的处理，如果是按照本金加上利息来确定的，那么这符合金融负债的摊余成本计量特征。在初始确认时，应当将该金融负债按照公允价值计量，后续按照实际利率法进行摊余成本计量，并在利息费用中反映利息的计提。

最后，关于利息的会计处理，根据企业会计准则第22号——金融工具确认和计量-第三十二条，利息收入或费用应当根据金融资产或金融负债的实际利率法计算，并在损益中反映。因此，后续计提的利息应当计入损益，而不是计入资本公积。