对于员工预支款项，如果打算作为工资和年终奖支付，关于工资所得和一次性奖金的个人所得税申报，需要按照《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定进行处理。根据个人所得税法的规定，工资所得和一次性奖金属于不同的所得项目，并且有不同的税收处理方式。

1. 工资所得：工资所得按月计征个人所得税，适用累计预扣法计算个人所得税。

2. 一次性奖金个人所得税：一次性奖金可以选择独立纳税或者并入工资薪金所得计税。如果选择并入工资薪金所得计税，就需要与工资一起计入收入合并计算税款。如果选择独立计税，在计算税款时，可以选择适用的办法有：

3. 按照《个人所得税法》实施条例第六条的规定，将一次性奖金分摊到12个月计算纳税。

4. 根据相关规定，一次性奖金还可以选择适用年度一次性奖金的优惠计税方式，即按照一次性奖金除以12个月后的平均数应纳税额的预扣率表确定税率和速算扣除数计算税款。

具体到您的情况，员工的预支款如果在年度内归还，那么在年底申报一次性奖金个人所得税时可以根据上述规定选择适用的纳税方法。如果选择将预支款作为年终一次性奖金支付，可以按照一次性奖金的独立计税方法计算个人所得税。

在处理预支款项作为工资和年终奖的会计处理时，则要按照会计相关准则进行。如预支工资，则借记“应付职工薪酬”，贷记“银行存款”或“其他应付款”；发放年终奖时，借记“应付职工薪酬”，贷记“银行存款”或“其他应付款”。

总之，您可以在年底时按照一次性奖金的计税方法进行申报个人所得税，但要注意预支款项的性质和是否需要归还，以及个人所得税的相关计算方法。