根据企业会计准则，如果应收账款之前已经核销并转销，但后来客户支付了欠款，这部分款项应当按照以下方式处理：

1. 当收到客户支付的款项时，借记“银行存款”科目，表示实际收到的现金。
2. 贷记“坏账准备”科目，因为收回的款项对应的是之前已计提的坏账准备。
3. 同时，贷记“应收账款”科目，反映应收账款的减少，因为款项已经收回。

会计分录如下：

借：银行存款
贷：坏账准备
贷：应收账款

这样处理反映了应收账款的收回，并且调整了之前计提的坏账准备。同时，已确认并转销的坏账准备通过贷记“坏账准备”科目恢复了其在账面上的记录。