选择农业合作社或有限公司作为经营主体在节税方面的影响因素包括但不限于适用的税收政策、组织形式的税务待遇、经营的具体活动以及可能的政府补助。农业合作社通常享有特定的税收优惠，比如减免某些税费，但有限公司可能在企业所得税方面有更灵活的处理方式。具体选择应考虑以下几点：

1. 税收优惠：农业合作社可能享受国家对农业的税收优惠政策，如减免增值税、企业所得税等。有限公司则按照一般企业税率缴纳企业所得税。

2. 成本和利润分配：合作社的利润分配可能有特殊规定，而有限公司的利润分配更为灵活，但可能税负较重。

3. 经营规模和复杂性：如果业务规模较大或业务结构复杂，有限公司可能更适合，因为它们可以更好地管理和分担风险。

4. 政府补助：农业项目可能有特定的政府补助，选择合作社可能更容易获得这些补助。

5. 法律责任：合作社和有限公司在法律责任上有所不同，合作社的个人成员通常对合作社的债务承担有限责任，而有限公司的股东责任限于其投资。

建议咨询税务顾问或专业律师，根据您的具体业务情况和未来发展规划，综合评估哪种形式更能节省税款并符合法规要求。