根据企业会计准则第14号-收入，当企业向客户提供了劳务，并且按照合同条款完成了相关服务，就可以确认相应的收入。在工程项目中，如果客户进行了扣款，这可能意味着对于工程的某种罚款或是合同中约定的扣减项。

扣款通常与合同中的质量保证、完工时间要求或其他约定条款有关，企业需根据合同的具体内容来处理。如果这种扣款是作为质量扣款，则在企业实际确认收入时，需要扣除这部分金额，反映在收入的净额中。

会计分录一般如下，当确认收入时，扣除应收账款中的相应扣款： 借：应收账款（扣除扣款的金额） 贷：主营业务收入（收入的净额）

如果该扣款是之前收入确认中未考虑的，那么需要进行调整： 借：主营业务成本/营业外支出（根据具体情况） 贷：应收账款（扣款金额）

如果存在收到的考核证书或罚款，则应该根据具体的情况来确定这笔款项的会计处理方法。倘若是罚款，则可能会借记营业外支出或其他相关支出科目，贷记应收账款或其他相关科目。需要更详细的信息来精确确定具体的会计分录。