根据企业会计准则第4号——固定资产（2006）-第五章 处置-第二十三条：企业出售、转让、报废固定资产或发生固定资产毁损，应当将处置收入扣除账面价值和相关税费后的金额计入当期损益。相关税费不包含增值税。固定资产的账面价值是固定资产成本扣减累计折旧和累计减值准备后的金额。固定资产盘亏造成的损失，应当计入当期损益。

首先，我们需要计算该设备的累计折旧。由于设备采用年限平均法计提折旧，预计使用10年，预计净残值为零，实际成本为900万元，因此每年的折旧额为900万元 / 10年 = 90万元。从2×16年6月20日至2×21年12月31日，共计5年半，因此累计折旧为90万元/年 * 5.5年 = 495万元。

接下来，计算设备的账面价值。账面价值 = 固定资产成本 - 累计折旧 = 900万元 - 495万元 = 405万元。

然后，计算处置该设备对当期损益的影响金额。影响金额 = 处置收入 - 账面价值 = 500万元 - 405万元 = 95万元。

因此，甲公司2×21年度处置该设备对当期损益的影响金额是95万元。

正确答案是A.95万元。