根据企业会计准则第4号——固定资产（2006）第三章 初始计量-第九条，自行建造固定资产的成本，由建造该项资产达到预定可使用状态前所发生的必要支出构成。预付研发费用如果与自行建造固定资产相关，且是为了使固定资产达到预定可使用状态所必需的支出，那么这部分预付研发费用应计入固定资产的成本中，作为长期资产的一部分。

因此，预付研发费用是否计入长期资产，取决于该费用是否与固定资产的建造直接相关，并且是否为使固定资产达到预定可使用状态所必需的支出。如果满足这些条件，预付研发费用应被视为长期资产的一部分。