根据企业会计准则第33号——合并财务报表（2014）的规定，合并日或购买日是指购买方实际取得对被购买方控制权的日期。在判断是否应将B公司并表时，A公司需要证明其对B公司的控制权，包括实质性权利和实际能力来行使这些权利。如果A公司能够证明其对B公司的控制权，即使工商变更手续正在进行中，根据准则，A公司应当将B公司纳入合并财务报表的合并范围。否则，如果控制权尚未建立，B公司不应被并表。

因此，尽管支付了50%的股权对价，如果A公司满足了控制权的其他条件，即使工商变更尚未完成，A公司可能仍然可以把B公司并表。然而，如果工商变更的延迟构成了实质性障碍，可能会影响A公司对B公司的控制权判断。