根据企业会计准则第1号—存货（2006）-第四章 披露-第二十二条，注册会计师在执行审计程序时，应当确保所获取的审计证据的可靠性和充分性。在本案中，注册会计师取得的回函上的印章与被询证者此前与甲公司签署合同上的印章不一致，这可能表明存在潜在的审计风险。尽管注册会计师可能不具备鉴定文件记录真伪的专业能力，但应当对这种不一致性保持警觉，并采取进一步的审计程序以验证回函的真实性。

注册会计师与被询证者联系并得到回函信息相符的确认，这虽然是一个积极的步骤，但仅凭此确认并不能完全消除对回函真实性的疑虑。注册会计师应当考虑采取其他审计程序，如重新发送询证函、要求提供额外的证明文件或通过其他途径验证信息，以确保审计证据的充分性和适当性。

因此，注册会计师在面对回函印章不一致的情况时，不应仅凭被询证者的口头确认就认为结果满意，而应进一步采取措施以确保审计工作的质量和可靠性。