根据企业会计准则第14号——收入（2017）-第五章 计量-第二十七条，企业应当按照从客户收取的对价金额计量收入。在本案中，注册会计师首次函证甲公司应收账款50万元，回函显示相符。但后期发现应收款项应为48万元，再次函证后，对方回复相符，并告知以第二次回函信息为准。注册会计师在确认应收账款金额时，应当依据最新的、准确的回函信息。

注册会计师在审计过程中，应当确保所获取的审计证据的准确性和可靠性。在发现首次函证金额与实际应收款项存在差异时，注册会计师采取了再次函证的措施，并最终得到了被询证者的确认，这表明注册会计师已经采取了适当的审计程序来确认应收账款的真实金额。

因此，注册会计师在得到被询证者确认第二次回函信息为准后，可以认为结果满意，因为这符合确保审计证据准确性和可靠性的要求。