根据企业会计准则，如果公司在三月份开出工程类普通发票，然后在六月份对该发票进行红字冲回，这意味着三月份确认的销项税额需要在六月份进行调整。具体的税金计算步骤如下：

1. 首先，确定三月份开出发票时的销项税额，这通常基于发票金额乘以适用的增值税率。
2. 六月份红字冲回发票时，应将之前确认的销项税额做相反的会计分录，借记“应交税费——应交增值税（销项税额负数）”，贷记相应的收入科目，以减少已确认的销项税额。
3. 这样，六月份的增值税申报表中应反映这笔销项税额的减少，相应的，公司的应交增值税也会减少。

请注意，实际操作中，企业应根据当地税法和具体税控系统的操作要求来处理红字发票的税金计算和申报。如果涉及跨月的税款调整，可能还需要考虑所属期的划分和税务机关的具体规定。