在支付了部分股权对价但尚未完成工商变更的情况下，A公司是否能将B公司纳入合并财务报表，需要根据企业会计准则第33号——合并财务报表（2014）的规定来判断。关键在于A公司是否已经获得了对B公司的控制权。控制权的判断标准包括但不限于：

1. 投资方持有被投资方的表决权数量，通常超过半数意味着控制权。
2. 投资方与其他股东的协议，是否能通过协议控制半数以上的表决权。
3. 投资方持有的实质性权利，包括潜在表决权、其他合同安排等。
4. 投资方是否有能力任命或批准关键管理人员，决定重大交易等。

如果A公司已经支付了部分股权对价，并且基于其他股东的持股情况、协议安排以及实质性权利分析，A公司能够主导B公司的相关活动，即使工商变更尚未完成，A公司可能已经控制了B公司，因此可以将B公司纳入合并财务报表。然而，如果A公司尚未达到控制权的要求，即使支付了部分对价，也不能将B公司纳入合并范围。

具体到案例中，需要详细分析A公司支付的股权对价比例、其他股东的持股情况、是否有控制协议等因素，才能做出准确判断。如果A公司能够证明其在支付部分对价后已经具备了控制权，那么在财务报表合并时可以将B公司纳入。否则，应等到控制权确立后再进行合并。