根据企业会计准则第7号——非货币性资产交换（2019）的规定，当非货币性资产交换具有商业实质，且公允价值能够可靠计量时，应当以公允价值为基础确定换入资产的成本。甲公司支付的补价为2万元，换出资产的公允价值为100万元，因此，甲公司换入存货的入账成本应为换出资产的公允价值减去支付的补价，再加上应支付的相关税费。甲公司应支付的增值税为换出资产公允价值乘以增值税率，即100万元 * 9% = 9万元。所以，甲公司换入存货的入账成本为100万元 - 2万元 + 9万元 = 107万元。同时，由于换出资产的账面价值为60万元，甲公司在终止确认设备时，会确认资产处置收益，该收益为换出资产公允价值与账面价值的差额，即100万元 - 60万元 = 40万元。因此，选项B和D是正确的，选项A和C是错误的。