在非同一控制下的企业合并中，如果子公司存货存在评估增值，母公司应当按照购买日子公司存货的公允价值进行初始计量。在合并报表中，母公司在购买日应将子公司的存货以公允价值反映，而不是以账面价值反映。如果子公司存货的公允价值高于账面价值，这个增值部分不会影响母公司的个别财务报表，但在合并财务报表中，需要调整存货的价值，将存货按照公允价值调整，同时可能会产生商誉或营业外收入，具体取决于评估增值是否超过子公司整体公允价值与账面价值的差额。

根据《企业会计准则第20号——企业合并》及相关解释，这种情况下，合并报表需要体现存货的公允价值，将子公司存货的评估增值体现在合并资产负债表中，同时，如果评估增值导致的公允价值超过原账面价值的部分超过了子公司整体的公允价值与账面价值之差，那么超出部分会确认为商誉；如果评估增值未超过这个差额，则增值部分会体现在合并利润表中的非经常性损益，通常作为营业外收入。

需要注意的是，这种处理方式仅适用于非同一控制下的企业合并，同一控制下的企业合并则按照账面价值进行计量，不考虑评估增值。