将公司厂房装修的费用通过员工的账目进行处理，这种做法存在若干风险，包括但不限于：

1. 违反会计准则：根据会计原则，公司开支应真实、准确地反映在公司的财务记录中。将公司费用转嫁给员工个人账户，可能导致财务报表失真，违反了会计的完整性原则。

2. 税务风险：员工可能需要为这些非工资性支出申报个人所得税，而公司可能未正确扣缴和缴纳相关税费。此外，这种操作可能被视为逃税或避税行为，触犯税法。

3. 内部控制缺陷：这种做法显示了公司内部控制的薄弱环节，可能引发内部审计或外部审计的关注，影响审计结果。

4. 法律风险：如果被发现，公司可能面临法律诉讼，包括员工的法律索赔，因为这可能涉及非法使用员工的个人资产。

5. 信任和文化问题：这种做法可能损害员工对公司的信任，破坏公司文化和道德规范，影响员工士气和团队凝聚力。

6. 监管处罚：监管机构如发现此类违规行为，可能会对公司施加罚款或其他处罚。

因此，公司应遵循正确的会计和财务流程，确保所有开支都按照规定记录在公司账目上，以避免上述风险。如果需要为厂房装修寻求财务解决方案，应咨询专业财务顾问，以确保合规操作。