在计算土地增值税时，"财政部规定的其他扣除项目"通常是指根据项目所在地省级人民政府确定的其他扣除项目，如地方性政策规定的补贴或费用。根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字〔1995〕6号），允许扣除的项目包括取得土地使用权所支付的金额、开发土地的成本和费用、新建房及配套设施的成本和费用，以及与转让房地产有关的税金。

然而，对于“财政部规定的其他扣除项目”，通常这个金额是根据项目所在地的具体政策来确定的，可能会包括一定比例的开发费用或利息支出。由于题目中提到的“财政部规定的其他扣除项目”通常是指此类地方性政策规定的扣除额，但具体金额需要参考地方政府的具体规定。

在实际情况中，房地产开发公司需要查询并遵循其所在省份的具体规定来确定这一扣除额。由于案例中没有提供具体的省级扣除政策或比例，我们无法直接计算出这个金额，只能选择最接近的选项。不过，根据一般的经验法则，如果允许扣除的“财政部规定的其他扣除项目”通常是一个固定比例，比如3%-5%的开发成本或销售收入，但这也会根据地方政策有所不同。

因此，没有具体信息的情况下，我们无法直接计算出一个确切的数值，但我们可以推测，如果这个“其他扣除项目”是按照开发成本的一定比例扣除，那么可以估算。假设这个比例是固定的10%，那么允许扣除的“财政部规定的其他扣除项目”金额将是开发成本12000万元的一定比例，即1200万元。但这只是一个假设值，因为实际金额应参照地方财政部门的具体规定。

所以，正确的答案需要根据实际情况中的地方政策来确定，如果没有具体信息，我们不能选择最接近的选项。在实际情况中，甲公司应咨询当地财政或税务部门，以获取准确的扣除额度。