甲公司在2019年1月1日购入A公司债券时，实际支付的购买价款中包含了已到付息期的债券利息108万元，这意味着这部分利息不应计入债券的初始成本。因此，债券的初始成本应为1971万元（购买价款）减去108万元的已收利息，即1863万元（1971万元 - 108万元）。同时，购入债券时发生的9万元交易税费应计入初始成本。

甲公司购入债券的初始确认金额（摊余成本）计算如下： 初始确认金额 = 1863万元（1971万元 - 108万元 + 9万元）。

2019年1月10日，甲公司收到了购买价款中包含的108万元债券利息，这部分利息应确认为投资收益，而不是调整债券的初始确认金额。

2019年年末，甲公司应根据实际利率法确认投资收益和摊销利息调整。根据6%的票面利率，2019年的利息收入应为108万元（1800万元面值 * 6%票面利率）。但由于甲公司实际支付的购买价款中已经包含了2018年的利息108万元，因此2019年的投资收益应为0万元，因为这部分利息已经在购买债券时收取。

2019年1月1日购入债券时，实际利率为5%，所以甲公司需要对1863万元的初始确认金额进行摊销，以反映实际利率法。假设2019年12月31日，摊余成本为初始确认金额1863万元减去按照5%实际利率计算的利息收入（1800万元 * 5% * 1年时间比例），并加上108万元的利息调整（因为实际利率法要求将这部分利息调整在债券的整个生命周期内进行摊销）。

因此，2019年末，甲公司确认投资收益并摊销利息调整后，A公司债券的摊余成本将低于其初始确认金额，这是因为实际利率法导致的利息收入高于票面利率，减少了摊余成本。具体摊余成本需要计算得出，但由于案例中没有提供具体数字，我们只能根据原则进行解释。摊余成本会小于1863万元，但具体数额取决于按照实际利率法计算的利息收入。