根据资料，如果纳税人用于换取生产资料和生活资料、投资入股或抵偿债务等方面的应税消费品，应当以纳税人同类应税消费品的最高销售价格为依据计算消费税。而对于增值税的计税依据，通常采用的是平均价格。因此，如果甲公司收取了包装物租金或押金，这部分收入不涉及消费税的缴纳，但若押金逾期未退，应并入销售额计算消费税。至于增值税，其计税依据通常是同类商品的平均不含税售价，而不是最高不含税售价。

然而，根据您给出的资料（3），如果指的是卷烟的消费税，通常情况下，卷烟的消费税是根据卷烟的最高销售价格计算的，但这并不意味着所有商品都是如此。在常规的消费税处理中，如果企业销售的是烟丝，消费税的计算通常也是基于最高销售价格。同样，增值税通常根据平均不含税售价计算，但具体到这个场景，如果甲公司收取的包装物租金或押金，这通常与增值税的计算无关，因为它不涉及商品销售，而是与租赁服务相关。

因此，如果甲公司收取的包装物租金或押金被确认为销售收入，这部分金额不涉及消费税的计算，因为这不是烟丝销售的收入。而增值税的计税依据通常为同类烟丝的平均不含税售价，但这部分收入可能需要根据实际情况和税法规定来判断是否适用增值税。如果押金逾期未退，甲公司可能需要并入销售额计算消费税，但增值税的处理仍需参照税法和税务局的指导。