当非全资子公司被注销时，其资产、负债和所有者权益（包括资本公积）将被并入母公司。在合并财务报表中，资本公积的变化取决于子公司注销时的特定情况，特别是母公司在子公司中所占份额以外的少数股东权益如何处理。

如果母公司购买了少数股东的股权，使得子公司成为全资子公司，然后注销，那么资本公积可能会因购买少数股权时支付的价格与子公司净资产份额之间的差额而发生变化。如果支付的价格高于子公司净资产份额，这个差额会增加资本公积；反之，如果支付的价格低于净资产份额，则会减少资本公积。

如果子公司直接被注销，且没有涉及购买少数股权，资本公积的变化将取决于子公司净资产的处理方式。通常，子公司净资产（包括资本公积）会被转移到母公司，相应减少子公司的资本公积，增加母公司的资本公积或其他所有者权益项目。

具体会计处理应遵循企业会计准则，特别是关于企业合并和长期股权投资的准则。在合并财务报表中，资本公积的调整通常是为了反映合并交易的实质。因此，资本公积是否变化以及变化的金额需要根据具体情况来确定。