应付函证金额大于回函金额可能有以下原因：

1. 记账错误：企业可能在记录应付账款时存在错误，导致账面金额高于实际应付的金额。
2. 未记录的调整：可能存在未体现在财务记录中的供应商退款、折扣或信用调整。
3. 未入账的支付：公司可能已经支付了部分款项，但财务系统中尚未更新或记录。
4. 信息延迟：回函可能基于较早的数据，而公司的财务系统已经更新了最新的交易信息。
5. 供应商错误：供应商在回函时可能提供了错误的余额信息。
6. 舞弊或不诚实行为：在极端情况下，企业可能故意多记应付账款以隐藏现金流问题或其他不正当目的。

审计师在遇到这种情况时，需要执行进一步的审计程序，如检查相关凭证、与供应商沟通确认、复核支付记录等，以确定差异的真正原因，并根据审计证据调整审计结论。如果差异是由于错误造成的，企业应调整账目以反映正确的应付账款余额。如果发现潜在的舞弊或不诚实行为，可能需要采取更深入的调查措施。