当关联方注销时，处理应收关联方款项的方式如下：

1. 评估可收回性：首先，企业需要评估关联方注销后，应收款项的可收回性。如果关联方有资产可用于偿还债务，企业应尝试收回款项。

2. 坏账准备：如果关联方没有足够的资产清偿债务，或者清偿的可能性极小，企业应根据企业会计准则计提坏账准备。根据《企业会计准则第22号——金融工具确认和计量》（2017年修订），企业应当运用预期信用损失模型来估计可能的损失，并据此调整账面价值。

3. 资产清算：如果关联方进入清算程序，企业应关注清算过程，参与清算分配，以尽可能收回部分款项。

4. 法律途径：如果关联方注销后仍有资产，但拒绝偿还，企业可能需要采取法律手段来追讨欠款。

5. 披露：无论采取何种处理方式，企业都应在财务报表附注中详细披露这一情况，包括关联方关系的性质、交易类型、交易金额、未结算项目的金额、条件和条款，以及坏账准备的计提情况。

6. 会计处理：根据会计准则，如果款项无法收回，最终可能需要将坏账准备转销，借记“坏账准备”科目，贷记“应收账款”科目，反映实际损失。

请注意，具体操作应结合实际情况和适用的会计准则进行，并可能需要法律和会计专业人士的建议。