企业部分社保由关联方单位代缴，如果由此导致计提的社保费用与实际缴纳的社保费用之间存在余额差异，根据企业会计准则，这种差异应当按照实际发生的金额进行会计处理。如果关联方代缴的社保构成了企业的负债，那么企业应当将这部分金额确认为负债，并相应调整账面记录，以确保财务报表的准确性。同时，如果这种差异是由于延迟支付或者错误计算引起的，那么根据《企业会计准则第29号——资产负债表日后事项》的规定，企业可能需要追溯调整以前期间的财务报表，以反映这一事项的正确影响。因此，企业需要根据实际情况，分析这种差异的性质和原因，然后按照会计准则进行适当的调整。