企业进行研发费用加计扣除时，需要按照以下步骤操作：

1. 判断研发活动：首先，企业需要确定其研发项目是否符合研发活动的定义，即是否为获得科学与技术新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务）、工艺而持续进行的具有明确目标的系统性活动。

2. 研发费用归集：企业应按照研发项目准确核算和归集研发费用，这包括人员人工、直接投入、折旧摊销、外包费用、设计费用等。

3. 自行判断和申报享受：企业基于实际发生的研发费用支出，自行计算加计扣除金额，并在纳税申报表的相应行次填写优惠享受的情况。

4. 留存相关资料：企业需要留存相关资料备查，包括但不限于研发合同、费用凭证、人员工资单、研发活动说明等，以证明研发费用的真实性。

5. 享受税收优惠：在计算应纳税所得额时，企业可以将符合条件的研发费用加计扣除，从而减少应纳税所得额，降低企业所得税负担。

6. 年度汇算清缴：在年度企业所得税汇算清缴时，企业应将全年研发费用加计扣除的累计金额进行申报，以调整应纳税额。

请注意，研发费用加计扣除采取“真实发生、自行判断、申报享受、相关资料留存备查”的方式，无需事先备案或审批。企业应确保所有操作符合当地税务机关的要求和规定。