在匹配银行回单与付款申请单时，企业可以遵循以下步骤以提高效率和准确性：

1. 建立统一编号系统：为每张付款申请单和银行回单分配唯一的编号，便于后续的查找和匹配。

2. 电子化管理：将付款申请单和银行回单扫描成电子版，存储在统一的文档管理系统中，这样可以通过搜索编号快速定位。

3. 自动化匹配工具：使用财务软件或ERP系统，这些系统通常具有自动匹配功能，可以根据日期、金额、供应商信息等关键字段进行匹配。

4. 人工复核：即使有自动化工具，也应进行人工复核，确保匹配的准确性，特别是对于系统无法自动识别的情况。

5. 定期对账：定期进行银行存款余额与应付账款的对账，以发现未匹配的记录。

6. 流程控制：确保付款申请单在付款前经过审批，且银行回单在付款后及时归档，减少匹配延迟。

7. 培训员工：对财务部门员工进行培训，让他们熟悉匹配流程和系统操作，提高工作效率。

通过以上流程，企业可以有效地将银行回单与付款申请单匹配起来，同时确保财务数据的准确性和完整性。