系统自动生成的会计分录不准确可能涉及会计估计、会计政策的应用或前期差错。如果是因为会计估计错误，比如折旧年限、坏账准备的估计不准确，根据企业会计准则，这通常被视为会计估计变更，应采用未来适用法处理，即调整受影响期间的会计估计，而不追溯调整以前期间的财务报表（除非影响金额重大且累积影响数可合理确定，此时可能采用追溯重述法）。

如果错误源于会计政策的误用，这可能构成前期差错。根据准则，重要的前期差错应采用追溯重述法更正，调整前期比较数据。如果无法追溯重述，应在发现当期调整。

在处理这类问题时，企业需要评估错误的性质、金额和影响范围，以确定是否重要，然后选择适当的处理方法。同时，需要在财务报表附注中披露相关信息，包括差错的性质、受影响的项目和更正金额等。

因此，当发现系统生成的会计分录不准确时，应立即识别错误的类型，是会计估计变更还是前期差错，然后按照相应准则进行调整，并确保在财务报告中充分披露。