扣非后净利润为负通常表明企业的主营业务盈利能力较弱，可能存在以下原因：

1. 主营业务经营困难：企业可能面临市场需求下降、竞争加剧、成本上升或运营效率低下等问题，导致主营业务产生的利润不足以覆盖非经常性损益。

2. 非经常性损益减少：非经常性损益可能包括处置资产的收益、政府补助、诉讼赔偿等一次性项目。如果这些项目减少或消失，净利润可能会受到负面影响。

3. 资产减值：企业可能需要对固定资产、无形资产或商誉等资产计提减值准备，这将直接减少净利润。

4. 经济环境恶化：宏观经济状况不佳、行业周期性波动或政策变化可能会影响企业的经营业绩。

5. 管理问题：管理层决策失误、内部管理不善也可能导致企业盈利能力下降。

6. 财务费用高企：例如高额的利息支出或汇率变动造成的汇兑损失，可能导致财务费用增加，影响净利润。

企业应当对这些原因进行深入分析，并在财务报告中披露导致扣非后净利润为负的具体因素，同时说明管理层针对这些问题的应对策略和改善措施。