当货物存放在客户那里灭失，而客户给予赔偿金时，这笔赔偿金应视为对损失货物的一种补偿。根据企业会计准则，这种赔偿金通常会记入与损失相关的科目，以抵消原本因货物灭失产生的损失。会计分录如下：

1. 首先，记录货物灭失的损失： 借：营业外支出（或其他相关科目，取决于货物灭失的具体情况） 贷：库存商品（或其他资产科目，如原材料、在途物资等）

2. 接着，收到客户赔偿金时： 借：银行存款（或其他收款账户） 贷：营业外收入（或其他相关科目，与损失相抵的科目）

这样，赔偿金的入账会减少因货物灭失带来的损失，并体现在利润表的相应位置。请注意，如果货物灭失涉及保险，可能还需要考虑保险理赔的会计处理。