同一控制下的企业合并和非同一控制下的企业合并在会计处理上有显著区别：

同一控制下企业合并： 1. 合并方按被合并方在最终控制方合并财务报表中净资产的账面价值份额确认长期股权投资，不产生新的商誉。 2. 差额调整资本公积，资本公积不足时调整留存收益。 3. 不需要考虑公允价值，而是基于账面价值进行会计处理。

非同一控制下企业合并： 1. 合并方按支付的对价公允价值确认长期股权投资，可能产生商誉。 2. 如果被合并方的可辨认净资产公允价值与账面价值不同，差额计入商誉或调整留存收益。 3. 内部交易和未实现损益需要在合并报表中进行抵销处理。

在合并报表中，两种情况下的处理差异主要在于是否基于公允价值和是否确认商誉。对于非同一控制下合并，通常涉及公允价值评估，而同一控制下合并则基于账面价值。