根据企业会计准则第10号——企业年金基金（2006）-第二章 确认和计量-第五条，企业年金基金缴费及其运营形成的各项资产包括：货币资金、应收证券清算款、应收利息、买入返售证券、其他应收款、债券投资、基金投资、股票投资、其他投资等。对于代政府持有的基金投资，应当根据其性质和投资目的，参照上述准则进行核算和列报。

如果代政府持有的基金投资是为了实现特定的政策目标，并且由专业基金管理机构进行日常管理，那么应当将其作为一项特殊的资产管理，单独记账核算。在财务报表中，应明确列示该基金投资的详细信息，包括投资金额、投资收益、风险管理措施等，以确保透明度和合规性。

此外，根据企业会计准则第10号——企业年金基金（2006）-第二章 确认和计量-第十二条，企业年金基金的净资产，是指企业年金基金的资产减去负债后的余额。资产负债表日，应当将当期各项收入和费用结转至净资产。因此，代政府持有的基金投资的净资产也应按照这一原则进行核算和列报。

综上所述，代政府持有的基金投资应当作为独立的会计主体进行确认、计量和列报，确保其安全、透明和合规。