根据企业会计准则第20号——企业合并（2006）-第三章 非同一控制下的企业合并-第十三条，同一控制下企业合并形成的长期股权投资，应在合并日按取得被合并方所有者权益账面价值的份额，借记本科目，按享有被投资单位已宣告但尚未发放的现金股利或利润，借记“应收股利”科目，按支付的合并对价的账面价值，贷记有关资产或借记有关负债科目，按其差额，贷记“资本公积——资本溢价或股本溢价”科目；为借方差额的，借记“资本公积——资本溢价或股本溢价”科目，资本公积（资本溢价或股本溢价）不足冲减的，借记“盈余公积”“利润分配——未分配利润”科目。

因此，同一控制下的企业合并中，如果合并对价的账面价值大于取得被合并方所有者权益账面价值的份额，其差额应借记“资本公积——资本溢价或股本溢价”科目，即会冲减资本公积。