根据企业会计准则第20号——企业合并（2006）-第三章 非同一控制下的企业合并-第十二条，购买方在购买日对作为企业合并对价付出的资产、发生或承担的负债应当按照公允价值计量，公允价值与其账面价值的差额，计入当期损益。同时，根据企业会计准则第33号——合并财务报表（2014）-第二章 合并范围-第十六条，投资方是否拥有对被投资方的权力，需要考虑其是否具有实际能力以单方面主导被投资方相关活动的证据。

在本案例中，A公司是否能够将B公司纳入合并财务报表，关键在于A公司是否已经实际控制了B公司。即使A公司支付了部分股权对价，但如果尚未完成工商变更，可能意味着A公司尚未取得对B公司的控制权。控制权的转移通常需要满足包括但不限于以下条件：企业合并合同或协议已获股东大会等通过，必要的财产权转移手续已办理，合并方或购买方已支付了合并价款的大部分，并且实际上已经控制了被合并方或被购买方的财务和经营政策。

如果A公司尚未完成对B公司的控制权转移，例如尚未完成工商变更手续，那么A公司通常不能将B公司纳入合并财务报表。只有在A公司实际控制了B公司之后，才能将B公司纳入合并财务报表。因此，需要具体分析A公司是否已经满足了控制B公司的条件。如果仅仅是支付了部分对价，而没有实际控制B公司，那么A公司不能将B公司纳入合并财务报表。