在非同一控制下的企业合并中，商誉的计算方法如下：商誉等于合并成本减去合并中取得的被购买方可辨认净资产的公允价值份额。具体公式为：

商誉 = 合并成本 - （被购买方可辨认净资产公允价值 × 合并方在被购买方的股权比例）

这里的合并成本是指购买方为取得被购买方控制权所付出的代价，包括现金、非现金资产、发行的权益性证券等的公允价值总和。被购买方可辨认净资产公允价值则是指被购买方在合并日各项可辨认资产、负债的公允价值减去负债后的净值。

根据《企业会计准则第20号——企业合并（2006）》和《企业会计准则第8号——资产减值（2006）》，商誉在初始确认后，应当每年进行减值测试，如果发生减值，需要计提商誉减值准备。