如果工程已经全额开票并转入长期待摊费用，但存在质量问题需要扣除质保金用于后续维修，这种情况下，通常不需要对长期待摊费用进行直接调整。根据企业会计准则，质保金的扣除通常会涉及以下步骤：

1. 计提维修费用：借记“在建工程 - 待摊投资”或相关费用科目，贷记“预计负债”或维修费用科目。
2. 从质保金中扣除：借记“预计负债”或维修费用科目，贷记“应付账款 - 质保金”。

长期待摊费用通常用于核算尚未摊销完毕的预付成本或费用，而质保金的扣除是针对已经完成工程的质量问题，这属于后续的运营成本，而不是初始的建设成本。因此，扣除质保金不会直接影响长期待摊费用的账面金额，而是通过预计负债或其他相关费用科目来处理。

请注意，具体会计处理应根据公司的会计政策和实际情况，以及发票和合同条款来确定。如果质保金的扣除涉及到对原工程成本的调整，可能需要根据具体情况分析是否需要调整长期待摊费用。