贸易公司在商品入库到应付账款再到开票的整个过程中，会计处理可以分为以下几个步骤：

1. 入库阶段：

2. 当商品到达并验收入库，但尚未收到增值税扣税凭证，应按货物清单或合同上的价格暂估入账，借记“库存商品”科目，贷记“应付账款”科目。如果商品是增值税一般纳税人，不需将进项税额暂估入账（根据增值税核算制度）。

3. 确认应付账款：

4. 当供应商发货并开具发票后，根据发票金额，借记“应付账款”科目，贷记“银行存款”或其他相关科目，以记录应付的货款。

5. 开票阶段：

6. 商品销售出去后，根据应收的合同或协议价款，借记“应收账款”科目，贷记“主营业务收入”科目，同时按销项税额，贷记“应交税费——应交增值税（销项税额）”科目。开具增值税专用发票，并在系统中记录相关信息，确保与业务流一致。

7. 核对应收应付：

8. 定期核对“应收账款”和“应付账款”科目，确保数据准确无误，与供应商和客户的记录保持一致。

9. 跟踪发票流：

10. 收到供应商开具的增值税专用发票后，认证并记录在“应交税费——应交增值税（进项税额）”科目，确保与发票流同步。

11. 保证核算与业务流一致：

12. 通过定期与业务部门、物流部门和仓库部门的沟通，及时更新库存和销售记录，确保会计核算与实际业务活动同步。

在整个过程中，要特别关注增值税专用发票的认证和抵扣，避免错漏。同时，要注意在规定的时间内完成认证，以免进项税额过期无法抵扣。此外，对于小规模纳税人，增值税直接计入成本费用或资产，不通过“应交税费——应交增值税”科目核算。

通过以上步骤，贸易公司可以确保从入库到开票的会计核算与业务流、发票流保持一致，避免出现会计错误和税务风险。