根据企业会计准则，P公司持有B公司49%的股权不能直接认定为少数股东权益，因为在合并报表的理论中，少数股东权益通常指的是非母公司所持的、不并入合并财务报表的那部分权益。在P公司的情况下，由于P公司通过其子公司A公司间接控制了B公司51%的股权，这意味着P公司实际上能够控制B公司，因为通过A公司，P公司拥有对B公司超过半数的股权。

从合并报表的理论层面来看，不同的会计观点可能会导致不同的处理方式：

1. 实体观（实体理论）：在这种观点下，合并报表应反映整个经济实体的情况，因此，P公司通过A公司对B公司的控制权将被反映在合并报表中，而P公司直接持有的B公司49%的股权在这种情况下可能不会被视为少数股东权益，因为它已经是控制权益的一部分。

2. 母公司观（母公司理论）：这种观点强调母公司直接的控制权，P公司直接持有B公司49%的股权在这种情况下可能被视为少数股东权益，因为它不是直接的控制性权益。

3. 所有权观：这种观点关注的是所有权结构，P公司通过A公司对B公司的控制会被视为直接控制，因此P公司持有B公司49%的股权在这种情况下也不会被视为少数股东权益。

综上所述，从合并报表的理论角度来看，P公司持有B公司49%的股权在实体观下不应视为少数股东权益，而在母公司观下可能被视为少数股东权益。然而，根据企业会计准则，由于P公司通过A公司对B公司拥有超过半数的控制权，P公司对B公司的49%股权在合并报表中很可能会被归类为控制权益而非少数股东权益。