在合并报表时，如果应付票据是企业与关联方之间的交易，通常需要考虑以下情况：

1. 内部交易抵消：如果应付票据是企业与子公司之间的交易，且票据未被背书转让给外部第三方，那么在编制合并财务报表时，这部分内部交易通常会进行抵消处理。根据企业会计准则，内部交易的资产、负债和损益会在合并过程中相互抵消，以消除内部交易的影响，真实反映集团的财务状况和经营成果。

2. 对外采购：如果关联方将应付票据背书转让给外部供应商，那么这笔交易就成为关联方与第三方之间的交易，不再属于内部交易的范畴。此时，应付票据不再被抵消，而是作为集团对外的负债反映在合并报表中。

3. 关联方披露：无论是否抵消，企业都需要在合并报表的附注中披露与关联方的交易，包括应付票据的性质、金额、交易条款等信息。

因此，如果应付票据未被背书转让，它会在合并报表中被抵消；如果被背书转让给外部，它将作为集团的负债保留，并需要在财务报告中进行适当的披露。