应付函证差异可能源于多种原因，包括但不限于以下几点：

1. 错误或遗漏：可能是企业在记录应付账款时出现了错误，或者在填写询证函时发生了遗漏，导致账面金额与函证回函的金额不符。
2. 信息更新不及时：如果企业在函证时，应付账款的最新变动未被反映在财务记录中，也会产生差异。
3. 舞弊或欺诈：在某些情况下，企业或员工可能有意操纵数据，以掩盖财务状况或进行不正当交易。
4. 数据处理问题：在数据传输、录入或处理过程中可能出现错误，导致差异。
5. 审计程序不足：审计师可能未充分执行审计程序，例如未对地址不一致、回函时间过快或快递单号异常等情况进行深入调查。

根据企业会计准则，审计师在遇到函证差异时，应执行进一步的审计程序，以确定差异的原因，并根据情况调整审计策略和结论。如果差异是由于错误或不准确的信息导致的，企业应进行必要的调整以确保财务报表的准确性。如果发现潜在的舞弊或不正当行为，可能需要采取更严格的措施，包括法律手段。